水道橋博士の次男は2009年に生まれていて、2024年現在は15歳。名前は「士（あきら）」というようで、この名前は「武士、文士、博士」にちなんでつけられたのだそうです。

水道橋博士の自宅は高円寺に建てた一戸建て。この自宅は彼自身が設計した4階建ての自宅となっていて、こだわりの詰まった自宅となっています。

自宅自体は公開されていないようですが、高円寺に暮らしていたのは明かしていました。

水道橋博士は現在20年以上暮らした高円寺から世田谷区へ移っていて、こだわりの自宅は売却し、もっとこじんまりとした家に住んでいるのだとか。これは過去の参院選出馬やその後のうつ病発症での活動休止が響いてのことで、金銭的理由からやむを得ず手放すことになったのだそうです。

水道橋博士は2017年にテレビ番組内で「今日なんですけど、別居しました」と語ったことがあり、突然別居発言は大きな話題となりました。彼はそれまで夫婦は良好だと見られていて、とくに不仲といった情報も無かったため、各メディアでも大々的に報じられていました。

水道橋博士は突然の別居発言で驚かせましたが、その理由は離婚などではなく、「自宅のリフォーム」。当時彼の自宅はリフォームの真っ最中であり、彼の部屋だけがリフォームをしなくてもよかったため、家族でただひとり彼だけが自宅に残り、他のみんなは一時的に引っ越すことになったのだとか。

水道橋博士はリフォームが原因で一時的に別居をしていましたが、リフォーム後はまた家族揃って暮らしていて、その後も離婚はありません。当時はリフォームを理由に別居と言われても離婚を疑う声もあったようですが、とくに夫婦仲に亀裂が入っているわけではありません。

水道橋博士は現在も嫁とはとても仲が良いようで、2024年には嫁の誕生日に「今日、伴侶が50歳を迎えた」とXに投稿していました。この様子からも良好な夫婦仲はうかがえ、今後も離婚の心配などは無さそうです。